Mathematica (Wolfram Research), MATLAB (MathWorks), Huygens (Scientific Volume Imaging), pClamp (Axon Instruments), Origin (OriginLab), Chimera (UCSF), SITUS (Biomachina.org), LAS X (Leica), Modeller (salilab.org), vlastný softvér v jazyku C++
Metódy analýzy:
analýza merania a simulácie izolovaných kanálov, záznamov iónových prúdov
analýza vápnikových signálov v bunkách
analaýza pasívnych elektrických vlastností buniek
lokalizácia proteínových štruktúr do máp elektrónovej hustoty
3D rekonštrukcia konfokálnych a wide-field obrazových sérií
dekonvolúcia konfokálnych a wide-field obrazových sérií
Matematické modelovanie a simulácia sa používajú na:
vývoj Markovovských modelov vrátkovania ryanodínového receptora, ktoré spájajú väzbu ligandov (Ca2+, Mg2+, ATP) s otváraním kanála
vývoj stochastických modelov, ktoré spájajú aktivitu jednotlivých kanálov s aktivitou skupín kanálov tvoriaci diádu srdcových myocytov
simulácia aktivity jednotkových kanálov a kanálových skupín
simulácia vápnikového záblesku a šírenie vápnikových vĺn
konštrukcia geometrických modelov svalových buniek
modelovanie štruktúry proteínov
Cieľom týchto štúdií je porozumieť vzťhom medzi štrukúrou a funkcioiu iónových kanálov a vzťahu medzi aktivitou jednotlivých iónových kanálov v izolácii a ich aktivitou v bunke.
kontakt
